תקופת קופון (Kofun) החלה מסביבות אמצע המאה ה-3 לספירה ונמשכה עד שנת 538. הממצאים הארכיאולוגיים הבולטים ביותר מאותה תקופה הם תלי קבורה שהוכנו בעבור האליטה המקומית, ושנקראו ביפנית קופון - ומכאן מקור השם. הקופונים העתיקים ביותר שנתגלו ממוקמים במרכז האי הונשו, בקרבת הערים אוסקה, נארה וקיוטו, והם מתוארכים לסביבות תחילת המאה הרביעית לספירה. תלי הקבורה מגוונים מאוד במיקומם, בגודלם ובארטיפקטים שנמצאו בהם. כך למשל, בעוד וחלקם בעלי צורה עגולה או מרובעת והם באורך שלא עולה על כמה מטרים בודדים, הקופונים הגדולים ביותר מעוצבים בצורת חור מפתח, הם מגיעים למימדים של מאות מטרים רבועיים וחלקם מוקפים בחפיר. גופת המת נקברה על פי רוב בתוך ארון או תא קבורה מיוחד עשוי אבן, ויחד איתו חפצים אישיים, כלי נשק ותכשיטים - בהתאם למעמדו החברתי של הנפטר.
קופון
בין החפצים שנמצאו בארונות הקבורה היו גם פסלי האניווה (Haniwa), שהיו פסלים עשויי חימר שעוצבו בדמותם של לוחמים, סוסים, אנשי חצר וחקלאים ונועדו לשמש כמנחה בידי המת העובר לעולם הבא. כלי חימר לשימוש יומיומי יוצרו בסגנון קדרות ייחודי לתקופה. הם הוכנו מחימר כחול-ירוק תוך שימוש באבניים, ונשרפו בתוך תנורים בטמפרטורות גבוהות ביותר, מה שהבטיח את עמידותם לאורך שנים רבות.
פסל האניווה
המנהגים והאמונות הדתיים שאפיינו את תקופת יאיוי הלכו ותפסו צורה מגובשת יותר ויותר. סט הפרקטיקות, הטקסים והמסורות שהתפתחו קיבלו בתקופת קופון את השם ״שינטו״, שלימים נודעה כדת יפנית מקורית. מדובר בדת אנימיסטית שמקדשת את הטבע ואת תופעותיו. האלים בדת זו נקראים ״קאמי״ (Kami), והם מתגלמים ומתווכים בעולמנו באמצעות אלמנטים טבעיים שונים כמו עצים, נהרות, מפלים והרים. השבטים השונים שהתאגדו בתקופת קופון אימצו לעצמם קאמי שונים, להם התפללו ואותם קידשו. השימוש בחפצים קדושים שונים כמו מראות, כלי נשק ופעמונים, שהתחיל בתקופת יאיוי, התרחב ונכלל בטקסי השינטו המוקדמים של תקופת קופון.
מבחינה פוליטית, התהליך החשוב ביותר שהתרחש בתקופת קופון היה עלייתו של שבט יאמאטו, שהתיישב באזור מרכז יפן - באי הונשו. דרך כיבושים, כריתת בריתות ואיחודים אסטרטגיים, השתלט שבט יאמאטו על חלקים גדלים והולכים גם באזור האי קיושו שבדרום יפן, ובתחילת המאה ה-5 כבר היה לשבט הגדול והחזק ביותר בממלכה הקדומה. בני יאמאטו קשרו קשרי מסחר ודיפלומטיה עם סין וקוריאה השכנות, ושיגרו אליהן משלחות שלקחו עמן אוצרות ומתנות מנחה. חלק מהטכנולוגיות והרעיונות המתקדמים ביותר באותה התקופה הגיעו ליפן בזכות החלפת המשלחות עם סין. אותה שכבה אריסטוקרטית שהרכיבה את שבט יאמאטו, תהפוך לימים לגרעין שממנו תצא המשפחה הקיסרית היפנית.