תקופת קמאקורה (Kamakura) סימנה את תחילתם של ימי הביניים ביפן. על פי החלוקה ההיסטורית המקובלת, היא התחילה בשנת 1185 עם נצחונו של שבט מינאמוטו (Minamoto) על שבט טאירה (Taira) במלחמת גמפיי (Gempei), והסתיימה בשנת 1333. התקופה נקראת על שם עיר החוף קמאקורה הסמוכה לטוקיו, ממנה שלט מינאמוטו נו יוריטומו (Minamoto no Yoritomo) על יפן כולה בתור שוגון - מנהיג צבאי עליון. קמאקורה נמצאת במיקום גיאוגרפי נדיר שהעניק לה עליונות אסטרטגית. העיר מוקפת הרים מצפון, ממזרח וממערב, כשמדרומה ים, ממש מבצר טבעי שהקשה מאוד על כל נסיון תקיפה או השתלטות. מלבד זאת, בבחירתו בקמאקורה ביקש יוריטומו להרחיק את צבאו ואת פקידיו מהחצר הקיסרית שבקיוטו וממוסדותיה המסואבים, ובכך לשמור על כשירותם ונאמנותם.
מינאמוטו נו יוריטומו
המערכת הצבאית של השוגון – או בקצרה, השוגונאט (Shogunate) – הייתה האלטרנטיבה השלטונית הראשונה ביפן מאז הוקם מוסד הקיסרות. מבחינה טכנית, הקיסר ניצב מעל השוגון, ולכן היה זה הקיסר גו-טובה (Go-Toba) שהעניק ליוריטומו את תוארו. מבחינה מעשית, מי ששלט בפועל היה מי שפיקד על הצבא, והקיסר החזיק במספר סמכויות מצומצמות וטקסיות למדי. ממשלת השוגון כונתה ביפנית באקופו (Bakufu) – "ממשלת אוהלים", שם המתקשר גם כן לאופיו הארעי של הצבא, החי באוהלים בשדה הקרב.
לאחר מותו של השוגון הראשון יוריטומו, החליטה אשתו, שבמקור השתייכה למשפחת הוג'ו (Hojo) העוצמתית, לתפוס את השלטון יחד עם אביה. וכך, השוגון החדש היה בנו הבכור של יוריטומו – מינוי חוקי ולגיטימי - אך בפועל הוא קיבל הוראות ופעל על פי הוראותיהם של אמו ושל סבו. כך, עבר השלטון מידיהם של השוגונים, שהפכו צעירים יותר ויותר, אל ידיהם של העוצרים לבית משפחת הוג'ו. באופן אירוני, אותה מערכת שלטונית עקיף שאפיינה את מוסד הקיסרות, אפיינה כעת גם את מוסד השוגונאט שהלך ונחלש. אם לסכם, היו אלו העוצרים לבית הוג'ו ששלטו בשמו של השוגון, אשר שלט בשמו של הקיסר.
מבחינה כלכלית, תקופת קמאקורה התאפיינה בצמיחה ובשגשוג שהתאפשרו הודות ליציבות השלטונית היחסית, ולהיעדר כמעט מוחלט של מלחמות. הסחר עם סין העמיק, וביקושים לסחורות כמו זהב, בשמים, פורצלן ותה הלכו וגברו. רפורמות שונות שיזמו השוגונים ייעלו את ניצול הקרקעות החקלאיות ברחבי הארץ, וטכנולוגיות מתקדמות יותר לעיבוד אדמה והשקייתה הגדילו את תפוקת התבואה. נשים גם כן מצאו את מקומן בכלכלה המתפתחת, והותר להן להחזיק ולרשת רכוש וקרקעות משלהן. בערים הוקמו גילדות של בעלי מלאכה ואמנים. ההתאגדות איפשרה את המשך התמקצעותם, הובילה לפיתוח טכניקות חדשות והגנה עליהם מבחינה כלכלית. מיקומה של קמאקורה רחוק כל-כך מהבירה הקיסרית קיוטו, הולידה את הצורך בפיתוח ותחזוקה של תשתיות תחבורתיות מתאימות, וכך הוקמו מערכות כבישים מתקדמות שחיברו בין נקודות שונות ביפן. בתקופת קמאקורה נוסדו שני זרמים בודהיסטיים חשובים ביותר, הג'ודו (Jodo-shu) והג'ודו שין (Jodo Shin), אשר פישטו את הפילוסופיה שעומדת מאחורי הבודהיזם, והנגישו אותה לפשוטי העם. מעתה, כל אדם יכל להבטיח את מקומו ב"ארץ הטהורה" לאחר מותו, וזאת על ידי שינון פסוק בודהיסטי בודד.
אחת מהאפיזודות המפתיעות והמעניינות ביותר שהתרחשו בתקופת קמאקורה היא סיפור נסיונות הפלישה המונגולית ליפן. מדובר באחת מהפעמים הבודדות עד העידן המודרני שיפן ניצבה בפני איום חיצוני על קיומה. קובלאי חאן, נכדו של הכובש המונגולי האגדי ג'ינג'יס חאן, עמל כסבו על הרחבת האימפריה הגדולה ביותר בעולם. הוא שלח נציגים מקוריאה ליפן בדרישה לכניעה מלאה, ולהכרזה על כפיפותה של הקיסרות היפנית בפניו. היפנים, כמובן, לא ניאותו לדרישותיו, והתכוננו למלחמה. פעמיים חצו אלפי ספינותיו של קובלאי את המיצרים המפרידים בין קוריאה ליפן, ופעמיים נבלמו על ידי קווי ההגנה היפנים שבחופי האקאטה אשר באי הדרומי קיושו. היו אלו סופות טייפון אשר כונו קאמיקאזה (Kamikaze), "רוח האלים", שהכו בצבא המונגולי הפולש, השמידו את צי הספינות שלו והכריעו את הקרבות.
התקיפה המונגולית במפרץ האקאטה